Die Gemeinde unterhält die Schulstandorte Aebnit, Dorf, Horbern, Melchenbühl, Moos, Seidenberg sowie gleichlautende Kindergartenstandorte. Die Schulstandorte sind in drei Schulkreise eingeteilt:
- Aebnit, Horbern, Melchenbühl
- Moos, Dorf
- Seidenberg
Ein weiterer Schulkreis umfasst die Kindergartenstandorte.
 

OrganigrammDie Schule Muri ist auf verschiedenen Kompetenzstufen organisiert:

Die Aufgaben und Befugnisse des Gemeinderats sind in Art. 26 SR umschrieben und beinhalten unter anderem die Anstellung und Entlassung der geschäftsführenden Schulleitung, der Schulleitungen, der Tagesschulleitung sowie die Genehmigung der Klassenorganisation.

Der Schulkommission obliegen gemäss Art. 28 SR übergeordnete und strategische Aufgaben und Befugnisse wie beispielsweise die Leitbildentwicklung, die Festlegung von Vorgaben zu Stundenplänen und Pensen, die Anzahl Schulwochen und unterrichtsfreie Halbtage, die Regelung der Stellvertretung der Schulleitungen und die Aufsicht über die Arbeit der Schulleitungen sowie die Zuständigkeiten aufgrund der kantonalen Gesetzgebung wie Entscheide im Aufsichts- und Disziplinarbereich (Art. 28 VSG).

Die geschäftsführende Schulleitung, welche pädagogische, administrative und operative Aufgaben im übergeordneten Sinn nach Art. 31 SR wahrnimmt, ist für die Koordination innerhalb der Schule Muri bei Bern verantwortlich sowie für die Vertretung der Schulleitungskonferenz gegen aussen, die Koordination mit der Tagesschulleitung und die Budgetplanung. Ihre Aufgaben sind im Bereich der stufenübergreifenden Qualitätsentwicklung und –evaluation, der schulkreisübergreifenden Organisation und Administration sowie der Informations- und Öffentlichkeitsarbeit.

Die Schulleitungen und die Schulleitung Kindergarten nehmen laut Art. 33 SR pädagogische, administrative und operative Aufgaben in ihrem Schulkreis und insbesondere die Personalführung des Kollegiums sowie die Qualitätsentwicklung im Schulkreis wahr (LAV Art. 891 Alinea a bis e).

Nach Art. 29 SR besteht die Schulleitungskonferenz aus der geschäftsführenden Schulleitung, den weiteren Schulleitungen und der Leitung des Kindergartens. Die Tagesschulleitung nimmt an den Sitzungen der Schulleitungskonferenz teil und hat Antragsrecht in denjenigen Belangen, welche die Tagesschule betreffen. Die Schulleitungskonferenz ist für die Schule Muri bei Bern als Ganzes verantwortlich (Art. 30 SR). Zentrale Anliegen der gesamten Schule Muri bei Bern werden analysiert, diskutiert und beschlossen oder dem zuständigen Gremium beantragt (Gemeinderat, Schulkommission, Inspektorat).